产业学院构建了理事会领导下的院长负责制。理事会成员涵盖扬州大学、扬州市科技局、扬州市工信局、江苏亚威机床股份有限公司等核心合作单位，设理事长1名、副理事长3名、理事8名。院长由理事会提名并聘任，全面主持学院工作。

在组织架构上，包括院务办公室、研发中心、教学中心、成果转化中心及实训中心。

院务办公室

负责学院日常行政、文秘、人事、财务及综合协调工作，保障学院运行顺畅；承担理事会会议组织、制度落实与内外联络等职能。

研发中心

围绕产业关键技术与共性需求，组织校企联合科研项目，开展技术攻关与产品研发，推动产学研协同创新。

教学中心

负责专业建设、课程开发、教学实施与学生培养，推动课程内容与产业标准对接，统筹师资队伍建设与教学质量保障。

成果转化中心

负责知识产权管理、技术转移与产业化推广，对接企业需求，促进研发成果向市场转化，推动创新链与产业链融合。

实训中心

提供实践教学平台与设施，组织技能培训、生产实训及实习实践，培养学生工程技术应用与实操能力，支撑校企共建实训基地运作。